В університеті функціонують 47 кафедр в складі 7 факультетів: чотири медичних, стоматологічний, фармацевтичний, факультет післядипломної освіти. Університету підпорядковані вищі медичні навчальні заклади І-ІІ рівня акредитації: Чернівецький, Новоселицький та Вашківецький медичні коледжі. Створено навчально-науково-виробничий комплекс з Ковельським медичними коледжем.