- Відділ вихрових рухів;
- Відділ гідробіоніки та керування примежовим шаром;
- Відділ гідродинамічної акустики;
- Відділ течій з вільними межами;
- Відділ технічної гідромеханіки;
- Відділ гідродинаміки хвильових процесів;
- Відділ інформаційних систем в гідроаеромеханіці та екології;
- Відділ гідродинаміки гідротехнічних споруд;
- Відділ прикладної гідродинаміки;
- Відділ моделювання гідротермічних процесів;
- Дослідна лабораторія ”Сучасної аеродинаміки та міждисциплінарних досліджень”;
- Науково-дослідна лабораторія з проблем сейсмічної безпеки технологічних вибухів;
- Відділ науково-технічної інформації.