- Відділ дендрології та природної флори;
- Відділ екології та фітоіндикації;
- Відділ фізіології стійкості рослин;
- Відділ дослідного виробництва та впровадження;
- Інтродукція, акліматизація і селекція рослин з метою збагачення та раціонального використання рослинних ресурсів у степовій зоні України в умовах техногенного середовища;
- Розробка наукових основ збереження різноманіття природної флори в умовах антропогенного навантаження та популяційна біологія і генетика в антропогенно змінених регіонах.